Søndag morgen starter med #arbejdsrejser forberedelser.
-
1000 TAK til mastodon for at genoplive min PC og nedbringe mit stressniveau undervejs! Jeg skylder jer alle en grundig indføring i genomisk selektion af rughybrider
️.
Forresten, er 37 slides nok til 30 minutter oplæg incl spørgsmål? Sku’ spørge for en ven. 5/n.(Ps jeg har kun en pointe pr slide, erfaring siger at det går fint, og jeg tjekker i aften på hotellet)
@pms Antal slides er virkelig variabelt. Det værste som tilskuer (og næste oplægsholder) er nok dem, der nægter at slippe publikum fordi de har 20 slides for meget (har selv været den)
-
Min nye pc med det helt nyudskiftede bundkort er lige gået i sort, gode råd modtages!4/n
1000 TAK til mastodon for at genoplive min PC og nedbringe mit stressniveau undervejs! Jeg skylder jer alle en grundig indføring i genomisk selektion af rughybrider
️.
Forresten, er 37 slides nok til 30 minutter oplæg incl spørgsmål? Sku’ spørge for en ven. 5/n.(Ps jeg har kun en pointe pr slide, erfaring siger at det går fint, og jeg tjekker i aften på hotellet)
-
1000 TAK til mastodon for at genoplive min PC og nedbringe mit stressniveau undervejs! Jeg skylder jer alle en grundig indføring i genomisk selektion af rughybrider
️.
Forresten, er 37 slides nok til 30 minutter oplæg incl spørgsmål? Sku’ spørge for en ven. 5/n.(Ps jeg har kun en pointe pr slide, erfaring siger at det går fint, og jeg tjekker i aften på hotellet)
Fra mit busvindue kan jeg se flade estiske raps, byg og hvedemarker mellem Tallinn og Tartu. Der er lidt flere træbygninger men ellers ligner det meget dk. 6/n
-
Fra mit busvindue kan jeg se flade estiske raps, byg og hvedemarker mellem Tallinn og Tartu. Der er lidt flere træbygninger men ellers ligner det meget dk. 6/n
Det ville ikke være en typisk Pernille på tur, hvis ikke jeg havde noget rutinejob kørende på siden. I denne uge er det nye genotyper for byg og rug. Lige nu imputerer jeg 2radet vårbyg genotyper (dvs gætter de gentype datapunkter der mangler, ud fra de datapunkter vi har). Når det er gjort skal jeg prædiktere hvor godt de nye linjer vil stå i marken hvis vi sår dem til foråret 2026. Det kan ikke vente til næste uge. Dem vi vil så skal høstes i hånden i år og der er 2000 linjer at vælge 350 ud fra. Surt at høste 1650 linjer med saks hvis de ikke bliver brugt og man kunne have udvalgt mere snævert inden. 7/n
-
Det ville ikke være en typisk Pernille på tur, hvis ikke jeg havde noget rutinejob kørende på siden. I denne uge er det nye genotyper for byg og rug. Lige nu imputerer jeg 2radet vårbyg genotyper (dvs gætter de gentype datapunkter der mangler, ud fra de datapunkter vi har). Når det er gjort skal jeg prædiktere hvor godt de nye linjer vil stå i marken hvis vi sår dem til foråret 2026. Det kan ikke vente til næste uge. Dem vi vil så skal høstes i hånden i år og der er 2000 linjer at vælge 350 ud fra. Surt at høste 1650 linjer med saks hvis de ikke bliver brugt og man kunne have udvalgt mere snævert inden. 7/n
@pms linjer som i byggen står på en linje i marken?
-
@pms linjer som i byggen står på en linje i marken?
@reynir
Nej, linje som i celle linje, eller genetisk forskellige linjer.Om de så tilfældigvis står på linje på en mark skal jeg ikke kunne sige.
Videre forklaring:
De genetisk forskellige linjer er sået og man har data på hvordan de klarer sig.
Ud fra de data skal man så udvælge nogen af dem til næste år.Hvis man havde ressourcer nok kunne man tage alle 2000 linjer videre, men det ser ud til at man må få lov at vælge 350 til videre "forædling"
Caveat emptor -
Det ville ikke være en typisk Pernille på tur, hvis ikke jeg havde noget rutinejob kørende på siden. I denne uge er det nye genotyper for byg og rug. Lige nu imputerer jeg 2radet vårbyg genotyper (dvs gætter de gentype datapunkter der mangler, ud fra de datapunkter vi har). Når det er gjort skal jeg prædiktere hvor godt de nye linjer vil stå i marken hvis vi sår dem til foråret 2026. Det kan ikke vente til næste uge. Dem vi vil så skal høstes i hånden i år og der er 2000 linjer at vælge 350 ud fra. Surt at høste 1650 linjer med saks hvis de ikke bliver brugt og man kunne have udvalgt mere snævert inden. 7/n
Så er vi i gang. De fleste oplæg til i dag er lagt på konference computeren. Alt teknik spiller (endnu) og der er en meget tydeligt nordeuropæisk struktur på alt
️. E-mails fra Estland kan godt være bare “yes” uden der er nogen som er sure eller noget. Jeg er vild med det 8/n -
Så er vi i gang. De fleste oplæg til i dag er lagt på konference computeren. Alt teknik spiller (endnu) og der er en meget tydeligt nordeuropæisk struktur på alt
️. E-mails fra Estland kan godt være bare “yes” uden der er nogen som er sure eller noget. Jeg er vild med det 8/nVi er en lille gruppe der arbejder med rug genetik. 80 mennesker. I forhold til tidligere år mangler der ca 20 fra Rusland. Konference serien startede i 1965 og vi er noget til nr 12. De sidste 30 år har vi haft dem hver 4-5år. Men det er første gang jeg er med.9/n
-
Vi er en lille gruppe der arbejder med rug genetik. 80 mennesker. I forhold til tidligere år mangler der ca 20 fra Rusland. Konference serien startede i 1965 og vi er noget til nr 12. De sidste 30 år har vi haft dem hver 4-5år. Men det er første gang jeg er med.9/n
1. Videnskabelige oplæg er om Rug genomet og status på vores viden om det af Niels Stein. Der er ekstra meget repetition i rug genomet og det er en forholdsvis lille afgrøde så det var først i 2021 vi fik det første hele genom af rug. Hurtig var der to: en linje fra KWS og en Kinesisk sort. 10/n
-
1. Videnskabelige oplæg er om Rug genomet og status på vores viden om det af Niels Stein. Der er ekstra meget repetition i rug genomet og det er en forholdsvis lille afgrøde så det var først i 2021 vi fik det første hele genom af rug. Hurtig var der to: en linje fra KWS og en Kinesisk sort. 10/n
Der er stadig masser af ulæst genom variation i rug derude. Når vi kikker i vores linjer er der ofte store stræk som ikke er på reference genomerne. 11/n
-
Der er stadig masser af ulæst genom variation i rug derude. Når vi kikker i vores linjer er der ofte store stræk som ikke er på reference genomerne. 11/n
Niels’ gruppe har opdateret KWS genomet og det kommer snart ud - vi hepper herfra
. 12/n -
Niels’ gruppe har opdateret KWS genomet og det kommer snart ud - vi hepper herfra
. 12/nNiels starter altid med “nu har jeg jo ikke lavet så meget på xxx siden sidst”. Men det har han og hans gruppe hver gang. Hvert oplæg er en fornøjelse at lytte til. Jeg har en kollega som ikke kan vente med at reanalyserer vores skuffedata op mod den nye reference. 13/n
-
Niels starter altid med “nu har jeg jo ikke lavet så meget på xxx siden sidst”. Men det har han og hans gruppe hver gang. Hvert oplæg er en fornøjelse at lytte til. Jeg har en kollega som ikke kan vente med at reanalyserer vores skuffedata op mod den nye reference. 13/n
Et PCA plot af genotypedata i første oplæg!!! Det er min type konference
️. Godt nok på byg - vi har pt kun to hele genomer på rug det bliver lidt et kedeligt plot. Næste rug konference håber jeg på et rug plot der ligner det i byg. 14/n -
Et PCA plot af genotypedata i første oplæg!!! Det er min type konference
️. Godt nok på byg - vi har pt kun to hele genomer på rug det bliver lidt et kedeligt plot. Næste rug konference håber jeg på et rug plot der ligner det i byg. 14/nI elite byg skal vi op på 50 fuld sekvens genomer før vi fanger det meste variation. Rug har et meget større genom, mere repetitiv, mere variation. Der skal formentlig mange flere til. 15/n
-
I elite byg skal vi op på 50 fuld sekvens genomer før vi fanger det meste variation. Rug har et meget større genom, mere repetitiv, mere variation. Der skal formentlig mange flere til. 15/n
Videre til Maja Boczkowska om polske genetiske ressourcer i rug. Produktionen af rug er gået ned der er enorm meget variation vi bør bevare. I forhold til de andre kornarter mister rug hurtigere spireevne efter mange år i fryseren. 16/n
-
Videre til Maja Boczkowska om polske genetiske ressourcer i rug. Produktionen af rug er gået ned der er enorm meget variation vi bør bevare. I forhold til de andre kornarter mister rug hurtigere spireevne efter mange år i fryseren. 16/n
PCA nr 2 og 3 på skærmen. Polsk rug fra genbanken er forskellige fra tyrkisk rug. Især på hvor heterozygote de er. De polske ser forholdsvis indavlede ud. Det er et problem i rug og opstår når de skal dyrke mange forskellige sorter på lille plads for at få friske frø der stadig kan spire. De dyrker dem i små telte for at undgå at de krydser med hinanden, men det giver lav population størrelse og problemer med genetisk drift og tab af diversitet. 17/n
-
PCA nr 2 og 3 på skærmen. Polsk rug fra genbanken er forskellige fra tyrkisk rug. Især på hvor heterozygote de er. De polske ser forholdsvis indavlede ud. Det er et problem i rug og opstår når de skal dyrke mange forskellige sorter på lille plads for at få friske frø der stadig kan spire. De dyrker dem i små telte for at undgå at de krydser med hinanden, men det giver lav population størrelse og problemer med genetisk drift og tab af diversitet. 17/n
Steven Dreissig om pollen morfologi. Er der forskel på pollen i rug? Er den genetisk? Hvad betyder det for rugs vindbestøvning? 18/n
-
Steven Dreissig om pollen morfologi. Er der forskel på pollen i rug? Er den genetisk? Hvad betyder det for rugs vindbestøvning? 18/n
De bruger flow cytometri til at karakterisere 64 forskellige rug sorter. Det ser ud til at strøvdragere er blevet længere og pollen er blevet større. Planterne er også kortere og til sammen giver det en kortere bestøvningsratio. 19/n
-
Steven Dreissig om pollen morfologi. Er der forskel på pollen i rug? Er den genetisk? Hvad betyder det for rugs vindbestøvning? 18/n
@pms Steven Dressing? Er det ham fra instituttet på Thousand Island?
-
De bruger flow cytometri til at karakterisere 64 forskellige rug sorter. Det ser ud til at strøvdragere er blevet længere og pollen er blevet større. Planterne er også kortere og til sammen giver det en kortere bestøvningsratio. 19/n
Fst i det 3. oplæg
️. Fst er et mål for hvor forskellig to populationer er. Meget basalt i populations genetik. Her bliver det brugt til at vise selektions signaler. Det ser ud til at der er selekteret for større pollen under domesticeringen. Tæt bestand (mindre behov for at svæve langt) og bedre spireevne i store pollen kunne drive selektionen. 20/n
